É um plug-in do Compiz.
Instale o Gerenciador de configurações de configuração do Compiz ( sudo apt-get install compizconfig-settings-manager
em um terminal) e abra-o.
Depois de aberto, procure por um plugin "Mover Janela". Selecione-o e desative ou altere a primeira opção, "Iniciar Movimentação da Janela".
Paraaunidade2d:
Como desabilitar o alt + clique de mover janelas no Unity 2D?