Você não mencionou em qual sistema operacional está criando a unidade de instalação.
Evite o Unetbootin , há um bug conhecido que trunca nomes de arquivos copiados para a unidade USB sem qualquer aviso ou erro. Eu tive exatamente os mesmos problemas que você está descrevendo por causa disso.
Tente md5summing o disco de instalação diretamente, há um arquivo localizado na raiz do chamado md5sum.txt.
Faça isso (no linux):
cd /path/to/usb/disk/ [usually /media/something]
md5sum -c md5sum.txt | grep -v "OK$"
Isso listará todos os arquivos que falharem na soma de verificação. Alguns arquivos serão symlinks, estes não podem ser criados em FAT32, mas tudo bem, pois tudo funciona sem eles.
Se você estiver no Windows, inicialize a partir da unidade flash e selecione "Verificar CD para defeitos" (supondo que seja tão longe) . Não há nenhuma alternativa para o modo linux de verificar o flash stick inteiro de uma vez, até onde eu sei.
Certifique-se de que a unidade flash que você está usando seja OK, tente uma diferente, por via das dúvidas.
Formate com FAT32, não FAT16 ou NTFS.
Espero que isso ajude.