Tenho certeza de que o que você adiciona ao gnome-session-properties é equivalente a um comando executado usando Alt + F2 e executando um comando. Você não pode executar scripts dessa maneira até onde eu saiba.
Acho que a maneira correta de executar um script na inicialização é adicionar esse comando em:
/etc/rc.local
Antes da saída 0. Eu mesmo não fiz isso. Dê uma olhada aqui .