Isso é realmente o padrão do Inkscape.
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Abra Arquivo → Propriedades do documento e clique na cor do plano de fundo. Certifique-se de que o canal alfa seja 0. Assim:
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Vá para Arquivo → Exportar Bitmap (Shift + Ctrl + E) e salve um arquivo com uma extensão .png.
Você terminou.