Crie um arquivo chamado .hidden
na área de trabalho. Abra-o com um editor de texto e adicione os nomes dos arquivos que você deseja ocultar.
Se houver vários arquivos que você deseja ocultar, abra o terminal, altere o cd para a área de trabalho e execute o seguinte comando para ocultar todos os arquivos que terminem em ~:
for i in *~; do echo "$i"; done > .hidden
Nota: Eu não tenho um sistema XFCE, então eu não testei isso.