Não. Se você puder ver alguns arquivos no disco rígido, mas não em outros, poderá indicar que há um problema com o sistema de arquivos. Certifique-se de alterar a exibição no Nautilus para mostrar arquivos ocultos, mas é improvável que isso seja o problema.
Você pode tentar instalar o testdisk no Ubuntu no USB e ver se isso pode ajudá-lo a recuperar os arquivos ausentes. Verifique a partição e o status de montagem das partições NTFS com os comandos
sudo fdisk -l
blkid
mount
primeiro para que você tenha uma ideia melhor do que está lidando.
Se você tiver uma unidade externa grande o suficiente e com espaço livre suficiente, você poderá fazer uma pequena cópia da unidade interna e usar o testdisk para investigar o sistema de arquivos. Este é o SOP para recuperação de dados, especialmente nos casos em que a unidade pode estar danificada ou falhando.