Provavelmente, a maneira mais fácil seria formatar a unidade inteira, portanto, também excluindo a partição atual do Ubuntu no USB.
Você faz isso usando o Gparted, um aplicativo que está disponível para download gratuito através do Ubuntu Software Center.
Quando aberto no Gparted, você escolhe a unidade USB no canto superior direito do aplicativo.
Então você clica com o botão direito do mouse na partição atual e escolhe apagar (deve ser desmontado primeiro), depois clique em "Aplicar".
Depois disso, todo o drive USB será visto como "Espaço não alocado".
Agora clique com o botão direito do mouse no espaço Não alocado e escolha "Criar nova partição" (ou similar), e escolha o novo tamanho da partição (aquele para o Ubuntu tem que ser em torno de 1 GB e fat32) Repita o processo para criar todas as partições desejadas.
Agora use o USB-start-disk-creator que vem com a instalação padrão do Ubuntu (seach USB no painel). Selecione para instalar o Ubuntu em apenas a partição que você criou para ele.
Agora você terá uma partição para o Ubuntu-inicializável e outra que está vazia