Este problema não é crítico e é apenas uma questão de o arquivo de configuração provavelmente conter valores que deveriam ter sido escritos de forma diferente. Você não precisa fazer nada, pois isso não afetará o uso do programa.
Também é provável que isso só aconteça porque você está usando o LibreOffice do Document Foundation (construído para qualquer sistema Debian) e não especificamente para o Ubuntu (e, portanto, com quaisquer patches específicos do Ubuntu). As compilações do Ubuntu (como as do PPA do LibreOffice ) teriam as alterações necessárias para serem executadas no Ubuntu já incorporadas.
A propósito, eu sugeriria usar este PPA ou esperar que versões mais recentes entrassem nos repositórios padrão, em vez de usar as construções "normais" pelo motivo mencionado acima. O LibreOffice 4.0 está incluído no Ubuntu 13.04, então se você estiver no 12.04 ou 12.10, as chances são de que ele virá a jusante para você também no futuro não muito distante.