Mostre a saída de sudo parted /dev/sda unit s print (ou altere /dev/sda para o que for relevante). Além disso, qual disco de modelo você tem? Se for um antigo (feito em 2009 ou antes, antes que o Advanced Format se torne comum), não é um problema; mas se for um disco mais novo, o alinhamento de partições para limites de 8 setores é importante. É provável que você esteja vendo um bug que faz com que o programa reaja exageradamente a certas condições, mas pode haver um problema real.