Eu recomendo mover suas pastas pessoais e, se aplicável, seus arquivos de música para a nova unidade. Formate-o com os tamanhos de cluster 4096K para obter o melhor desempenho e utilize o NTFS.
para mim, são minhas pastas de downloads, músicas e vídeos que são enormes. Eu corro SSDs para o meu sistema operacional e redireciono todos os downloads para o HDD, que é também onde eu armazeno minhas músicas (adicionei músicas, downloads e uma pasta de vídeo às minhas bibliotecas).
O Ubuntu não parece ter problemas para trabalhar com NTFS, e o FAT32 é ruim.
Boa sorte!