Isso pode resolver seu problema, não tenho certeza disso.
Verifique se você tem xserver-xorg-input-evdev
instalado em seu sistema:
sudo dpkg -s xserver-xorg-input-evdev
Se sim, faça:
sudo add-apt-repository ppa:xorg-edgers/ppa
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
Se não, faça:
sudo add-apt-repository ppa:xorg-edgers/ppa
sudo apt-get update
sudo apt-get install xserver-xorg-input-evdev
Reinicie.
Fonte: Botão esquerdo do mouse não funciona na sessão do Xubuntu