Defina a prioridade de inicialização do BIOS para inicializar o segundo disco rígido conforme sugerido. Quando o ubuntu inicializar, abra uma janela de terminal e digite
sudo update-grub
e veja se o prober do sistema operacional encontra o Windows e insira-o no menu de inicialização do grub. Se isso não acontecer, talvez seja necessário reparar os arquivos de inicialização do Windows. Parece que o instalador tentou colocar os arquivos grub no primeiro disco rígido.
Se você ainda não fez isso, recomendo inicializar o Ubuntu e montar o primeiro disco rígido e fazer o backup de todos os dados importantes para algo seguro, como um disco rígido externo.