Para versões recentes do Ubuntu, em /etc/init/mysql.conf
você encontrará a configuração Upstart para o serviço MySQL. Upstart é o daemon de inicialização para inicializar e inicializar o sistema após o término do kernel e do initramfs.
Como o Upstart é baseado em eventos e baseado em dependências, você não pode dizer exatamente em que ordem e a que horas um serviço é iniciado, mas pode alterar as dependências na diretiva start on
. Eu sugiro que você leia mais sobre o Upstart caso queira fazer modificações nisto.