Você precisa editar as fontes de software e remover os PPAs que não são mais usados. Supondo que você esteja usando uma versão recente do Ubuntu com o Unity.
- Abra o traço (com a tecla do windows / super)
- Pesquise o aplicativo chamado "Fontes de software" e inicie-o.
- Clique na guia "Outros" e desmarque o PPA que você não deseja.
Não se preocupe, o software que você instalou aqui não será removido. No entanto, ele simplesmente não será atualizado e poderá não funcionar no futuro se as bibliotecas de que ele depende forem alteradas.
Espero que isso ajude.