O script está bem. Eu acho que seus logs do Apache não contêm o texto correspondente ao padrão.
Eu estou executando o seguinte comando, mas nem todos os arquivos que eu sei que esta string estão sendo retornados e não posso descobrir o porquê. Especificamente, os arquivos de log do apache que estão sob esse caminho não estão sendo retornados.
grep -rl "eval(base64_decode('" /var/www | xargs ls -l
Alguém pode me indicar o que preciso alterar para obter esses arquivos também?
O script está bem. Eu acho que seus logs do Apache não contêm o texto correspondente ao padrão.