Seus arquivos de log mostram o servidor inicializando e, em seguida, desligando imediatamente com o erro:
Fri Mar 8 09:14:22 [initandlisten] exception in initAndListen std::exception: boost::filesystem::file_size: No such file or directory: "/mongodb_data/database/$tmp_repairDatabase_0/METRICS.12", terminating
Seu cliente não conseguirá se conectar até que você inicie o servidor com êxito.