Se você tem um ícone definido pelo arquivo .desktop, eu teria pensado que funcionaria.
Pessoalmente, quando tenho programas fora do padrão no meu sistema, eu coloco um link simbólico para o executável em um diretório no meu $ PATH - eu costumo colocá-los em $ HOME / bin. Por exemplo, com o software de gravação de roteiros cinematográficos celtx, criei um link simbólico para o executável (nesse caso, $ HOME / .celtx / celtx) dentro de $ HOME / bin chamado celtx. Em seguida, faço a chamada de arquivo .desktop simplesmente 'celtx' em vez do arquivo / path / to / the /. Assim, o arquivo .desktop se parece com isto:[Desktop Entry]
Type=Application
Name=Celtx
Exec=celtx
Comment=Write movie and television scripts
Categories=Applications
StartupNotify=true
Icon=/home/evilsoup/.celtx/celtx/icons/default48.png
Isso funciona exatamente como você acha que deveria (lançado a partir do Unity ou do terminal, recebo o ícone definido no .desktop). Eu teria pensado que seu método de usar um alias funcionaria da mesma forma (talvez se você alterar a linha Exec no seu .desktop para chamar o alias, em vez do comando completo / path / to /?).