Normalmente, você vê todas as consultas que você coloca na área de texto na guia "SQL". Confira se funciona para você no site de demonstração PHPMyAdmin , atualmente rodando v3.5.3 (Login: root / no password). Se isso não ajudar, tente descrever com precisão o que você faz. Talvez as funções AJAX estendidas em versões mais recentes impeçam a exibição de certas consultas.
Além disso, há uma função de histórico ( Fonte ):
phpmyadmin does offer a brief history. If you click on the 'sql' icon just underneath the 'phpmyadmin' logo, it'll open a new window. In the new window, just click on the 'history' tab.
EDIT: Fazer downgrade do phpmyadmin para versão 3.2.x deve ajudar. Naquela época, menos ou nenhuma função AJAX foi aplicada à entrada de texto da consulta.
BTW: Eu prefiro Administrador ao PHPMyAdmin por alguns meses agora. Solução adicionada