Para arquivos de configuração modificados em / etc, o instalador perguntará se deseja manter o original ou substituí-lo.
Quanto às outras pastas, uma atualização consiste basicamente em atualizar muitos pacotes. Os arquivos contidos nos pacotes são atualizados ou removidos se não forem mais necessários.
Arquivos criados por você e não contidos em um pacote geralmente não são tocados. Por exemplo, um lugar comum para armazenar arquivos 'website' do apache está em / var / www. Estes não são removidos em uma atualização, tanto quanto eu sei.
No entanto, eu recomendaria fazer backup de arquivos importantes antes de uma atualização