Eu acho que você ainda não configurou o fancontrol. Fancontrol é uma aplicação que desacelera os seus fãs de acordo com a temperatura do seu cpu. Este é um excelente guia para configurá-lo.
Talvez alguém já tenha perguntado isso, mas devo perguntar por que meu cooler está sempre explodindo quando eu começo o Ubuntu? Quando estou no Windows 7 é normal, mais legal explodir quando jogo algum jogo.
Aqui está a minha configuração do Laptop:
AMD® Fusion APU Quad Core A8-3500M 1,5 GHz,
Placa gráfica AMD Radeon HD 6520G 1GB
Ram 8 GB DDR3
HDD 500 GB
Eu tive o mesmo problema, e isso me incomodou em várias distros. Mesmo que seu post tenha alguns anos, o problema ainda existe. Tente limpar todos os drivers da placa gráfica fornecidos pela ATI e escolha o código aberto. Para mim, ajudou não apenas a desligar o ventilador, mas também a fazer com que os processadores trabalhassem com cargas menores quando ociosos.