O segundo disco rígido que você conectou ainda tem alguns pedaços quebrados de legado no grub, e sua bios está tentando inicializar a unidade em vez do original. Entre na sua bios e diga para inicializar a partir da unidade adequada.
Instalei o 12.04 PP no SSD, que era o único disco rígido conectado ao computador durante a instalação. Após a instalação, reinicializado bem, o sistema estava funcionando sem problemas. Em seguida, liguei o HDD secundário (contendo dados, backup, etc.) e o sistema montou-o automaticamente. Então eu reiniciei novamente e o GRUB estava mostrando o erro 15 em uma seqüência de inicialização. Somente se eu desconectar o HDD secundário durante a reinicialização, o sistema será inicializado normalmente. Note que o Ubuntu 12.04 PP é o único SO no computador. Sem janelas, sem inicialização dupla, nada. Eu acredito que o GRUB precisa de algum tipo de informação extra de um novo disco rígido para torná-lo parte do registro mestre de inicialização. Simplesmente, o SO reconhece-o como um endereço físico e monta-o bem, mas não estava lá durante o processo de instalação e o GRUB teve o problema (talvez)
thx antecipadamente
O segundo disco rígido que você conectou ainda tem alguns pedaços quebrados de legado no grub, e sua bios está tentando inicializar a unidade em vez do original. Entre na sua bios e diga para inicializar a partir da unidade adequada.