Live CDs funcionam com memória RAM, por isso é normal que eles não salvem sua configuração. É esquecido quando o computador é desligado.
Por que não usar a linha de comando para o que você precisa fazer? Para isso, digite Ctrl + Alt + F1 para abrir uma sessão de linha de comando e fazer seu trabalho com ela. Eu sei que definitivamente não é amigável, mas pode ser uma solução.