Eu tomaria cuidado ao remover programas aparentemente supérfluos. Outros pacotes, mesmo os não relacionados que vêm com o DE, podem depender deles. No LXDE, por exemplo, você não pode remover lxterminal (≙ gnome-terminal ) ou leafpad (≙ gedit ) sem excluir os pacotes essenciais, como lxrandr , lxinput e outros.
Economize para esses problemas de dependência, não há motivo para que você não consiga remover aplicativos duplicados. Apenas certifique-se de que você pode configurar o DE para usar uma substituição de sua escolha, por exemplo gnome-calculator em vez de galculator .
Se não for o espaço em disco desperdiçado que incomoda, mas a desordem nos respectivos menus DEs, você sempre pode adicionar o OnlyShowIn= parameter para os lançadores de aplicativos em questão. Veja aqui um tutorial sobre as entradas do Kubuntu .