Tudo deve funcionar da mesma forma se o Ubuntu estiver instalado em uma unidade interna ou externa.
A única coisa que fará a diferença é como você o instala. Se você instalá-lo a partir de outro computador / sistema operacional com o instalador USB, você receberá a tela "Tentar ou instalar" na inicialização. Isso não será exatamente o mesmo.
Se você instalá-lo na unidade externa, da mesma forma que faria se fosse um interno, então essa é a "versão normal do PC". Não há diferença. Na verdade, eu o instalei em drives flash USB dessa maneira, e a única diferença é que eles são mais lentos que os discos rígidos internos. Apenas certifique-se de escolher a unidade certa ao instalar, para não apagar nada importante. Isso inclui o GRUB, que também deve ser instalado na unidade externa.