Um programa no Windows faz uso extensivo de bibliotecas padrão que pertencem ao Microsoft Windows. Essas bibliotecas são reescritas e implementadas no Wine para que elas façam o mesmo. Quanto mais um programa é bem escrito e as bibliotecas padrão, maior a chance de o programa funcionar no Wine.
O código de um programa é examinado primeiro para chamar as bibliotecas do Windows. Essas chamadas são traduzidas para que as bibliotecas do Wine sejam chamadas. Então o código do programa executado a toda velocidade. Não há código emulado, mas somente as chamadas para as bibliotecas são traduzidas.
Portanto, em teoria. um programa deve funcionar tão rápido quanto o Microsoft Windows. Na prática, o programa pode ser mais lento, porque a tradução é feita. Mas existe a possibilidade de um programa funcionar mais rápido porque as bibliotecas do Wine são mais simples e porque o acesso ao disco é mais rápido no Linux.
Como o Linux usa o OpenGL, os programas do Windows que usam o OpenGL geralmente funcionam bem no Wine. O Linux não usa o DirectX - no entanto, os jogos DirectX funcionam no Wine porque as chamadas do DirectX podem ser traduzidas por chamadas do Wine para OpenGL.