Se você atualizar suas janelas, não será problema. O que eu experimentei sobre a instalação do windows 7 a 8 é este:
Você pode atualizar o Windows 7 de 32 bits para o Windows 8 de 32 bits apenas. -32 bits para 64 bits não é possível no processo de atualização. -Você tem que comprar um DVD saperate para ir de 32 bits para 64 bits.
Este UPGRADE não deve modificar o MBR e você será capaz de manter o Ubuntu como está.