Eu encontrei a seguinte solução usando a linha de comando:
gsettings set org.gnome.shell.extensions.dash-to-dock show-apps-at-top true
Para torná-lo persistente, execute esses comandos como root:
echo show-apps-at-top=true >> /usr/share/glib-2.0/schemas/10_ubuntu-dock.gschema.override
glib-compile-schemas /usr/share/glib-2.0/schemas/