Mesmo que você tenha dito que isso não aconteceu com a intervenção humana, a causa mais provável é que alguém alterou recursivamente as permissões mais acima no sistema de arquivos, e o comando afetou mais do que o esperado. Um exemplo seria executar chmod -R a-x / home / algumuser, o que afetaria diretórios e arquivos regulares.
Pode ter sido um script personalizado que executou o comando chmod - verifique seu crontab para ver se há algum trabalho agendado que possa ter feito isso:
crontab -l