Acho que o ownCloud provavelmente fará o que você está procurando.
Se você não puder / não quiser executar o ownCloud e quiser aplicar sua própria solução, precisará:
(1) um sistema de controle de revisão capaz de lidar com conflitos, como git , hg ou bzr ;
(2) ferramentas de criptografia como TrueCrypt , eCryptFS ou Duplicidade ;
(3) um método de acessar o servidor de arquivos, como FTP ou SSH ; e
(4) vários