Eu acredito que a solução que você quer é dizer ao plugin compiz place para ignorar a janela em questão. Você pode editar as configurações do plugin compiz com o gconf-editor, no entanto, você precisará instalá-lo primeiro.
Pessoalmente, prefiro deixar o compiz e apenas os plugins e rodar com os padrões - gastei muito tempo consertando um sistema quebrado.
Outra solução que parece sugerir-se é desabilitar completamente o plugin do lugar, no entanto, isso pode ser ainda mais irritante, já que todo o posicionamento automático da janela que tomamos como certo estará ausente. Novas janelas sempre serão abertas a 0,0, por exemplo, provavelmente colocadas sob o lançador e o painel superior.
Se eu quiser que um aplicativo em janelas esteja na tela ao mesmo tempo que outro aplicativo, é bastante simples redimensionar as janelas e colocá-las adequadamente. Com um desktop de alta resolução, é possível aumentar significativamente a produtividade se você redimensionar as janelas e alterar o posicionamento, mantendo-as totalmente na área de trabalho atual.