Faça um backup de /etc/init.d/halt e experimente o patch listado no final do seguinte bug - link
Faça um reinício e depois um desligamento para tentar o WOL.
Funcionou para mim no meu servidor HP Proliant. Espero que funcione no seu.
tip exclua as linhas mostradas com um sinal de precedência e insira aquelas com sinal +. As linhas sem qualquer sinal são apenas para referência para localizar o código correto.