Esse 'comportamento estranho' é causado pelo fato de que às vezes eu uso atalhos no layout do teclado russo em que eles não funcionam devido a este bug .
Eu uso o Ubuntu 12.04 com o Unity 2D e me deparei com esse problema: às vezes, as teclas de atalho param de funcionar em algumas janelas. Por exemplo, eu tenho essas janelas abertas normalmente: Google Chrome, Terminal, Skype, Pidgin. Às vezes, tudo está OK e os atalhos funcionam, não importa de qual janela eu os acesse, no entanto, os atalhos do Skype (com mais freqüência) ou do Pidgin (com menos frequência) não funcionam, mas ainda funcionam no Terminal ou no Google Chrome. Além disso, nem todas as teclas de atalho são afetadas, o problema é válido somente para bloquear o computador (Ctrl + Alt + L) e outros atalhos personalizados, como executar algum comando ou iniciar um programa (usei zenity --entry com [Super | Ctrl] + [some letter: K, N, etc] para teste). Alguém tem uma idéia do que está causando o problema e como corrigi-lo?