Algo semelhante aconteceu comigo. Pode ser que seja um problema de "perguntas lentas". Ou seja, perguntas para o banco de dados que implicam em pesquisar ou filtrar por campos não indexados, grandes associações ou algo assim.
Pode ser que você precise otimizar o design de seu banco de dados. No meu caso, após algumas pequenas alterações, meu servidor baseado no Intel Atom passou de uma carga de cerca de 0,9 para uma carga de cerca de 0,1 (servindo 20k ~ 25k páginas por dia).