Desculpe pelo meu mau comportamento.
Aprofundando ainda mais essa questão, acho que tenho pelo menos a solução para a minha instância do problema: por motivos mais conhecidos, havia duas instâncias de ktimetracker em execução ("ps aux | fgrep ktime" mostrou isso)! Ambos tentam salvar o estado e, ocasionalmente, eles estão tão sincronizados que ambos tentam salvar ao mesmo tempo e um deles perde porque o arquivo de bloqueio para o processo de salvamento já existe! Eu matei a segunda instância e agora está quieto.