É possível que esses pacotes sejam "pacotes relacionados" (por falta de termo melhor) para o Rhythmbox, et. al .; bibliotecas e dependências que sua desinstalação ignorou (como acontece com frequência).
Eu sugiro que você use o utilitário "Computer Janitor" para limpar tudo que não é mais necessário. É mais seguro fazer uma limpeza após a desinstalação dessa maneira, em vez de remover os pacotes manualmente. Às vezes, pode acontecer que a rotulagem do pacote faça parecer que apenas um determinado programa (Rhythmbox, Transmission, faça a sua escolha) confia nele quando na verdade existem outros que precisam dele.
Se você quiser fazer isso via terminal, o comando sudo apt-get autoremove
parece fazer exatamente o que o zelador faz.