Ajudaria se você pudesse dar alguns exemplos de aplicativos que não podem ver a unidade, mas eu poderia apostar que estes são os que não estão integrados ao Gnome.
Em qualquer caso, você deve tentar ver se o seu NAS foi montado com o gvfs (este deve ser o caso se você montá-lo no Nautilus). Vá para o seu diretório pessoal e mude para um diretório oculto chamado .gvfs/ . Seus volumes devem ser montados aqui, e todos os aplicativos que não podem encontrá-lo, como o Nautilus, devem ser capazes de navegar para esses pontos de montagem.
Você vê, o que acontece é isto: no Unix / Linux, quaisquer compartilhamentos / drives / etc. são montados dentro da hierarquia normal do sistema de arquivos. O Nautilus e alguns outros aplicativos adicionais mostram essas montagens no lado esquerdo da seleção de arquivos, mas esse é um comportamento adicional. Se você puder acessar os compartilhamentos com o Nautilus, eles serão montados em algum lugar, e qualquer aplicativo, mesmo que compreenda apenas o sistema de arquivos local, deverá ser capaz de encontrá-lo.