Existem algumas técnicas, a mais simples é usar um ambiente chrooted. Nesse ambiente, você pode executar sudo aptitude update
e a maioria das outras ferramentas de linha de comando.
Como alternativa, você poderia criar várias máquinas virtuais de caixa virtual que usavam as partições como discos rígidos - não tentei fazer isso.
Para o ambiente chroot monte cada partição em um diretório, por exemplo:
sudo mkdir /mnt/partition_penguin
sudo mount /dev/sda8 /mnt/partition_penguin
Vincule nos diretórios do sistema para fornecer acesso ao hardware:
sudo mount --bind /dev /mnt/partition_penguin/dev
sudo mount --bind /proc /mnt/partition_penguin/proc
sudo mount --bind /sys /mnt/partition_penguin/sys
Em seguida, insira o ambiente chroot e execute seus comandos:
sudo chroot /mnt/partition_penguin /bin/bash
sudo aptitude update