Eu removi o Recovery Partition do meu laptop Dual Boot, mas ainda não tentei usar os discos de recuperação, então não sei o que eles fazem em termos de MBR e partições existentes. No entanto, posso dizer que a exclusão da partição não afetou minha instalação do Windows ou do Ubuntu.
Eu recomendo usar uma ferramenta como link
para fazer um backup completo, "bare-metal" de suas partições de discos. Então você não deve ter que mexer com discos de recuperação do Windows. Você também pode usar o Redo para executar o Gparted e excluir / redimensionar partições.