Os pen drives USB são geralmente sistemas de arquivos FAT, não tenho certeza de quais ferramentas existem para reparar o sistema de arquivos FAT, mas você pode descobrir que pode ler a maioria dos arquivos do Ubuntu (ignorando os erros de E / S) em seguida, recrie o sistema de arquivos para copiá-los de volta.
Muitas vezes meu parceiro traz laptops Windows para casa pertencente a pessoas com quem ela trabalha, onde os sistemas de arquivos são danificados e o Windows não inicializa. Normalmente eu posso apenas inicializar um CD do Ubunu com eles e mesmo que você receba muitos erros de I / O, pelo menos o Ubuntu fará um "melhor esforço" para ler os arquivos onde o Windows parece menos inclinado ... até agora sempre foi capaz de recuperar as coisas importantes (fotos, músicas, documentos de trabalho, etc.) para as pessoas.
Contanto que você não tente escrever no sistema de arquivos (você pode até montá-lo somente leitura para ter certeza) não causará mais danos para tentar copiar os arquivos que você precisa.