Os arquivos de tema estarão em /usr/share/themes/ . Você provavelmente precisará editar os arquivos CSS no subdiretório gtk-3.0.
Use gcolor2 para descobrir a cor atual da barra de ferramentas - digamos que é #eeefff . Agora descubra o que você quer que a cor seja - digamos, #ababab .
agora você atualiza os arquivos - a maneira mais fácil é simplesmente substituir todas as ocorrências da cor antiga pela nova:
find /usr/share/themes/Cupertino -type f -exec sed -i 's/#eeefff/#ababab/g' {} \;
é claro que isso substituirá a cor antiga pela nova em toda parte - o que pode não ser o que você deseja. Se você quiser alterar a cor da barra de ferramentas, só você pode descobrir qual classe css especifica a barra de ferramentas (experimentação e o Google ajudará aqui) e mudar apenas isso.