Eu tive esse problema e pareço tê-lo corrigido com o seguinte.
Eu encontrei este tópico do ubuntuforums.org útil .
1) Se você precisar de 1280x1024 (o que eu precisava):
xrandr --newmode "1280x1024_60_new" 138.54 1280 1368 1504 1728 1024 1025 1028 1069 -HSync +Vsync
xrandr --addmode VGA-0 1280x1024_60_new
2) Se você precisa de 1440x900 (isso é o que o cara usou, deve funcionar)
xrandr --newmode "1440x900_60.00" 106.47 1440 1520 1672 1904 900 901 904 932 -HSync +Vsync
xrandr --addmode HDMI1 1440x900_60.00
O único problema com isso é que a resolução desaparece após a reinicialização e uma mensagem informa que não é possível aplicar a configuração armazenada aos monitores. Você pode escrever um script de inicialização.