Eu tenho um problema semelhante com 12.04 que não estava lá com 10.04.
ao abrir qualquer diretório grande, o gerenciador de arquivos Nautilius fica muito lento ao listar os consensos do diretório. Os outros programas instalados funcionam rapidamente como de costume.
Este problema não existia desde o início, mas apareceu depois que eu instalei vários programas e preenchai o disco rígido com arquivos de documentos em cerca de 80%.
Portanto, parece haver alguma fraqueza no Nautilius que é ativada em conjunto com a instalação de algum outro programa ou apenas porque a quantidade de arquivos é grande.
Jaan