Sua unidade host do Windows pode estar fragmentada. O Wubi armazena seus dados dentro de um arquivo no sistema de arquivos do Windows, assim você pode tentar usar o utilitário de desfragmentação para desfragmentar a unidade wubi.
Segure a tecla Windows e pressione R , e digite dfrg.msc
na caixa de texto e clique em [OK]. Em seguida, selecione a unidade onde o Wubi está instalado (experimente a unidade C: e depois todas as outras unidades internas se não tiver certeza) e escolha Desfragmentar. Deixe terminar e tente iniciar o Wubi novamente.