Você deve ser capaz de definir isso para sempre no seu arquivo xorg.conf /etc/X11/xorg.conf
. Aqui está a minha seção Monitor como um exemplo:
Section "Monitor"
Identifier "0-DFP1"
Option "VendorName" "ATI Proprietary Driver"
Option "ModelName" "Generic Autodetecting Monitor"
Option "DPMS" "true"
Option "PreferredMode" "1440x900"
Option "TargetRefresh" "61"
Option "Position" "0 0"
Option "Rotate" "normal"
Option "Disable" "false"
EndSection
Você mencionou a Nvidia, então presumo que seja sua placa gráfica. Você está usando os drivers proprietários? Tenho certeza que você tem, mas apenas no caso: você usou a ferramenta Configurações da Nvidia para definir seus parâmetros de exibição?
Recentemente, recomendei o uso de este ppa em 12.04 para obter o drivers mais recentes e melhores, parece estar funcionando bem em ambos os meus sistemas baseados em Nvidia e ATI.
$ sudo add-apt-repository ppa:ubuntu-x-swat/x-updates
$ sudo apt-get update && sudo apt-get upgrade