Atualmente estou usando o btrfs, tendo usado o zfs no passado. O zfs é bastante faminto de memória e não é "nativo do Linux", então se você está feliz com um sistema de arquivos mais novo / menos comprovado, eu recomendo o btrfs.
Se você fizer o btrfs no Ubuntu LTS, eu recomendo ficar com o 14.04, já que os kernels recentes têm muitas atualizações do btrfs.
Um sistema mais tradicional envolveria LVM + md software raid, essa é uma solução experimentada e testada que pode fornecer armazenamento expansível, raid de software, snapshots, etc, mas não é tão "legal" quanto os sistemas de arquivos mais recentes e erros alguns recursos (como checksum / COW).