Eu usei com sucesso o comando dd para clonar diretamente um disco rígido antigo em uma substituição. Você precisará inicializar em um cd do Ubuntu ou outro dispositivo linux do que aqueles que você está clonando. Em seguida, no prompt de comando, use o comando dd. Eu tenho que avisá-lo que usar qualquer comando no terminal pode ser arriscado se você cometer um erro, mas o dd é particularmente duvidoso, já que ele pode sobrescrever um disco inteiro. Dito isto ... o comando se parece com isso.
dd if=/dev/sda of=/dev/sdb
O "if" significa arquivo de entrada. Esta é a unidade de origem da qual você está copiando FROM.
O "de" significa arquivo de saída. Esta é a unidade de destino para a qual você está copiando.
Você pode encontrar uma descrição mais detalhada aqui: link e visualizando as man pages para dd.