O que você quer dizer com "mas quando eu o altero no escalon freq no Unity, ele volta para 2.5"?
Você já tentou echo "ondemand" | sudo tee /sys/devices/system/cpu/cpu*/cpufreq/scaling_governor
? Isso normalmente salvaria seu último modo de energia usado também. Outras opções de modo de energia disponíveis estão disponíveis com cat /sys/devices/system/cpu/cpu0/cpufreq/scaling_available_governors
.