Não é um bug. Verifique os arquivos de log para ver o que poderia estar causando isso. Eu não tenho nenhum problema com o desligamento ou congelamento com o meu Ubuntu 12.04, agora em execução há mais de um mês. Eu tive esse problema na versão 10.04 LTS, mas nenhum aqui. É mais provável que seja um software que impede o desligamento do Ubuntu, pois o programa ainda pode estar sendo processado. Pode ver que nada está correndo para você, mas no backend existem programas em execução. Um desses programas (possivelmente um aplicativo de terceiros) pode estar causando esse problema. Existem várias outras razões pelas quais isso pode acontecer, além da interferência do programa. Espero que alguém possa esclarecer isso.
Verifique a saída quando você digita o seguinte
sudo shutdown -h now