O Wubi é menos testado que o normal do Ubuntu, já que muitas pessoas e particularmente desenvolvedores não possuem o Windows instalado. Portanto, quando você usa uma instalação do Wubi, é ainda mais importante manter backups e, particularmente, ao fazer atualizações de distribuição.
Uma instalação funcional do Wubi não deve degradar muito o desempenho ou coisas assim. Você pode querer desfragmentar o seu sistema de arquivos do host de tempos em tempos, mas você provavelmente vai querer fazer isso de qualquer maneira. Eu não acho que será muito significativo em qualquer caso.
Normalmente, eu recomendaria fazer uma instalação normal para uma instalação permanente, mas parece que você encontrou uma exceção muito boa.