Primeiro, eu deletei .gconf e .config do meu diretório home e reiniciei. Após o login, enquanto nada era como eu tinha personalizado, tudo era padrão, incluindo o funcionamento do terminal. Eu então usei terminal e chmod-ed tudo para estar sob mim e não fazer root.
Então, embora eu tenha perdido todas as configurações que costumava ter, minha área de trabalho está novamente em ordem.